Kementerian Agama Kantor Kota Tangerang dibentuk berdasarkan KMA No. 250/IX/1994 dan keberadaannya diresmikan oleh Walikotamadya Tangerang Drs. H. Zakaria Machmud pada bulan September  1994. Selanjutnya, atas nama Kepala Kantor Wilayah Departemen Agama Provinsi Jawa Barat,Walikota Tangerang melantik  Kepala Kantor Departemen Agama Kotamadya Tangerang yang pertama, yaitu  Drs. H. M. Suroh, M. Si.
Berikut nama-nama Kepala Kantor Departemen Agama/Kementerian Agama Kota Tangerang dari masa kemasa:
1. H. M. Suroh, M. Si. Masa Bhakti 1994 – 1998
2. H. M. Atoullah Ahmad, MA Masa Bhakti 1998 – 1999
3. H. Babun Abdullah Masa Bhakti 1999 – 2002
4. KH. Saeful Millah, MM , M.BA. Masa Bhakti 2002 – 2003
5. H. Iskandar Bunyamin, MM Masa Bhakti 2003 – 2006
6. H. Zaenal Arifin, MM Masa Bhakti 2006 – 2013
7. H. A. Nawawi, M. Si Masa Bhakti 2013 – 2015
8. H. Dedi Mahfudin, M. Si Masa Bhakti 2015 – 2020
9. H. Badri Masa Bhakti 2020 – 2022
10. H. Samsudin, MM Masa Bhakti 2022 – sekarang.
Pada awal berdirinya, Kementerian Agama Kantor Kota Tangerang berkantor (sementara) di rumah dinas Kepala Kantor Departemen Agama Kabupaten Tangerang, yang beralamat di Jalan Ahmad Yani No. 8 Kota Tangerang selama kurang lebih satu tahun. Karena mengalami renovasi, maka Departemen Agama Kota Tangerang pada tahun 1995 menempati kantor (sementara) di Jalan Sukasari. Setelah selesai renovasi , maka pindah kembali ke Jalan A. Yani No. 8. Pada tahun 2005 Kantor di Jalan A. Yani mengalami rehab total sehingga aktivitas kantor pindah ke Rumah Dinas Sekda Kota Tangerang Jl. Nyimas Melati, Kota Tangerang.
Selanjutnya pada tahun 2013 Kementerian Agama Kantor Kota Tangerang berpindah ke Jl. Perintis Kemerdekaan II Cikokol menempati Kantor lama Kementerian Agama Kantor Kabupaten Tangerang yang telah berpindah ke Tigaraksa.
Kementerian Agama Kantor Kota Tangerang yang beralamat di Jl.A.Yani No.8 masih tetap ditempati oleh Seksi Penyelenggaraan Haji dan Umroh, BAZDA Kota Tangerang, Seketariat Dharma Wanita, Kelompok Kerja Pengawas, Kelompok Kerja Penyuluh dan Sekretariat IGRA Kota Tangerang, hal ini mengingat terbatasnya luas tanah dan fasilitas ruangan kerja pada Kantor yang beralamat di Jl.Printis Kemerdekaan II Cikokol.
